diff --git a/drivers/pci/controller/dwc/pci-imx6.c b/drivers/pci/controller/dwc/pci-imx6.c
index a1da72dd85b0..3b298f8659ea 100644
--- a/drivers/pci/controller/dwc/pci-imx6.c
+++ b/drivers/pci/controller/dwc/pci-imx6.c
@@ -270,8 +270,8 @@ static int imx95_pcie_init_phy(struct imx_pcie *imx_pcie)
 			IMX95_PCIE_PHY_CR_PARA_SEL);
 
 	regmap_update_bits(imx_pcie->iomuxc_gpr, IMX95_PCIE_PHY_GEN_CTRL,
-			   ext ? IMX95_PCIE_REF_USE_PAD : 0,
-			   IMX95_PCIE_REF_USE_PAD);
+			   IMX95_PCIE_REF_USE_PAD,
+			   ext ? IMX95_PCIE_REF_USE_PAD : 0);
 	regmap_update_bits(imx_pcie->iomuxc_gpr, IMX95_PCIE_SS_RW_REG_0,
 			   IMX95_PCIE_REF_CLKEN,
 			   ext ? 0 : IMX95_PCIE_REF_CLKEN);